Zrušení kontrol na pozemních hranicích se sousedními státy vytvořilo novou situaci při zajišťování bezpečnosti a veřejného pořádku, zvláště v příhraničních regionech. Proto Policie ČR ve spolupráci se sousedními státy zaváděla již několik let do praxe ucelený komplex policejních nástrojů, které plně nahradily chybějící kontroly. O bezpečnost a veřejný pořádek v příhraničním území se tak společně starají policisté obou sousedních států, kteří k tomu jsou vybaveni specifickými pravomocemi, včetně možnosti působit v určitých případech na území druhého státu.
Kontroly osob a ostatní policejní opatření však nesmějí plnit funkci hraničních kontrol a nesmějí být ani ekvivalentní takovým kontrolám.
Schengenská pravidla poskytují každému státu právo – a do určité míry i povinnost – provádět i nadále policejní opatření za účelem boje s kriminalitou a nelegální migrací v souladu s národní legislativou. Každý schengenský stát tedy může provádět kontroly osob na svém území. Tato policejní opatření – zvláště ta prováděná v příhraničních oblastech – však musí splňovat následující schengenská pravidla:
Odchod českých policistů z hraničních přechodů neznamenal oslabení přítomnosti a aktivit policie v příhraničních regionech. Policie zůstala i po vstupu ČR do Schengenu přítomna v příhraničí v plné síle a v nezměněném rozsahu plní standardní policejní úkoly týkající se bezpečnosti a veřejného pořádku. Navíc má k dispozici nové schengenské nástroje přeshraniční policejní spolupráce.
Novému rozdělení úkolů mezi jednotlivými službami Policie ČR odpovídají i změněné početní stavy. Při těchto přesunech platila zásada, že počet policistů v příhraničním území zůstane nezměněn. Tento aspekt byl jedním ze základních východisek pro reorganizaci služby cizinecké a pohraniční policie po vstupu ČR do Schengenu, neboť přesun policistů z hraničních přechodů do vnitrozemí mohl být vnímán jako oslabení bezpečnosti v dané lokalitě. Významný počet zkušených policistů dříve působících při ochraně státních hranic přešlo do nových funkcí u dopravní a pořádkové a železniční policie, ve kterých uplatňují své zkušenosti získané v předešlé praxi. Celkově cizinecká a pohraniční policie předala uvedeným složkám police zhruba 2 300 tabulkových míst policistů a sama se přetransformovala ve službu cizinecké policie.
Co se týče dopadů vstupu do Schengenu na bezpečnost ČR jako celku, je třeba zdůraznit, že schengenské standardy představují výrazné zvýšení kvality policejní a justiční spolupráce mezi členskými státy, a vytvářejí tak podmínky pro účinnější potírání zločinu.
Čeští policisté a další vybrané orgány při své práci využívají Schengenský informační systém (SIS) a v něm obsažené miliony dat týkající se vybraných kategorií osob či zboží (mj. hledaných či pohřešovaných osob, věcí či vozidel). Přístup k záznamům v SIS výrazně zvyšuje úspěšnost i rychlost při nalezení hledaných osob a věcí; mnohonásobně se tak zvyšuje pravděpodobnost, že např. policejní orgány jiného schengenského státu při policejní kontrole objeví osobu, která je hledaná českou policií z důvodu spáchání závažného trestného činu.
Důležitost SIS potvrdila také zkušenost českých orgánů během prvních 100 využívání SIS v ČR. V tomto období bylo např. zadrženo více než 30 osob hledaných v jiných státech Schengenu a obdobný počet osob na území ČR nebo vypátráno přes 130 odcizených nebo ztracených věcí, zejména vozidel a osobních dokladů.
V případě, že by i přes všechna přijatá opatření vznikla závažná hrozba pro veřejný pořádek nebo vnitřní bezpečnost ČR, má vláda možnost vydat nařízení, jehož prostřednictvím znovu zavede ochranu vnitřních hranic ČR. K takovému rozhodnutí se však bude moci uchýlit pouze za výjimečné situace, znovuzavedení hraničních kontrol bude muset být dočasné a bude moci trvat pouze po omezenou dobu nepřesahující 30 dní nebo po předvídatelnou dobu trvání závažné hrozby. Konkrétní způsob a rozsah provádění znovuzavedené ochrany vnitřních hranic bude stanoven ad hoc nařízením vlády a bude záviset na situaci, zejména tedy na důvodech, které k dočasnému znovuzavedení kontrol povedou.
K zajištění bezpečnosti slouží rovněž spolupráce mezi policejními oddíly jednotlivých států a zároveň spolupráce členských zemí EU a Europolu, který je hlavním nástrojem policejní spolupráce. Europol dále podporuje členské státy EU v jejich boji proti terorismu, kybernetické kriminalitě a dalším organizovaným zločinům. Ke své činnosti má Europol k dispozici i několik specializovaných jednotek, jakým je například Evropské středisko pro boj proti převaděčství. Středisko má pomoci členským zemím EU v odhalování a rozložení zločineckých sítí, které jsou zapojeny do převaděčství.